Большинство жителей Тобольска исповедовали православие. По данным Голодникова, в начале 1880-х гг. в Тобольске православного исповедания было 18897 чел., или 80 % населения. К другим конфессиям относились: иудеи - 2825 чел. (12%), католики - 1551 чел. (6,6 %), мусульмане - 185 (0,8 %), протестанты - 40 (0,2 %).

Наиболее массовой формой участия городского населения в религиозной жизни было посещение церкви и участие в религиозных праздниках. Во второй половине XIX в. число церквей продолжает увеличиваться. Так, если к началу 1880-х гг. в Тобольске насчитывалась 21 церковь (в том числе одна римско-католическая и одна протестантская), то в 1910 г. здесь было 27 православных церквей, костел, кирха, мечеть, синагога.

Согласно плану города, они были более или менее равномерно распределены по территории города, хотя центральная (более древняя и более привилегированная часть города) имела, пожалуй, чуть больше церквей на единицу площади.

Большинство населения принимало участие в религиозных праздниках. При многих церквях были библиотеки. К этому времени богомолья для значительной части горожан имели не только религиозную, но и познавательно-развлекательные цели: приобретение новых впечатлений, отдых и т. п. Большое оживление на городских улицах вызывали крестные ходы. Д.И. Менделеев, наблюдая в 1899 г. в Тобольске торжественную многолюдную религиозную процессию, писал:

"Вспомнилось опять детство, потому что и тогда все то же совершалось, и все мы вместе со всем городом принимали свое участие".

Эта неизменность порядка крестных ходов была обусловлена традиционностью православных обрядов.

Заметную роль в культурной жизни города играли духовные учебные заведения. Помимо старейшей духовной семинарии, в Тобольске в 1870-е гг. существовали духовное училище для детей мужского пола, духовное училище для детей женского пола (епархиальное училище) и 2 церковно-приходских школы (4 в 1903 г.). Среди официальных изданий - "Епархиальные ведомости". Кроме всего прочего, Тобольск славился церковными древностями.

С целью более широкого привлечения различных слоев городского населения к делам религии и церкви (и чтобы не отстать от запросов времени) основные конфессии Тобольска, впрочем, как и в других городах России во второй половине XIX в., начинают создавать различные общественные организации. В Тобольске появляются Тобольский Епархиальный комитет Православного миссионерского общества (1872 г.), Тобольское Епархиальное братство св. великомученика Дмитрия Солунского (1887 г.), Тобольский отдел Императорского православного Палестинского общества, Тобольское Епархиальное попечительство о бедных духовного звания.

Комитет вспомоществования нуждающимся учащимся в Тобольской духовной семинарии, Общество вспомоществования нуждающимся воспитанницам Тобольского епархиального женского училища. Кроме того, в Тобольске были созданы: Тобольское мусульманское общество, римско-католическое благотворительное и др.

Отделение Православного миссионерского общества 14 мая 1872 г. впервые совершило в г. Тобольске празднование дня памяти св. Кирилла и Мефодия - просветителей славян. Праздник этот был организован с целью "споспешествовать миссионерскому обществу к распространению среди населения нравственно-религиозных истин.

Однако во второй половине XIX - начале XX вв. церковь переживает сложные времена. С одной стороны, идет формирование мощной инфраструктуры светской культуры и относительное сокращение роли церкви в культурной жизни города, с другой - внутри церковных учреждений и организаций появляется значительный слой инноваторов, активно способствующих формированию и распространению новых элементов городской культуры.

Так, протоиерей А. Сулоцкий в своих рукописных размышлениях не только критикует политику российского самодержавия в области культуры, но и выступает за "гласность" и более широкие возможности общественной самодеятельности.

В своем "Сочинении о сибирской администрации" он пишет о том, что "в настоящее время едва ли где есть основание мыслить, что публичное мнение может быть только там, где есть дворянство. Публичное мнение возможно всюду, где есть общество и где членам оного даны средства выражать это мнение печатью, а поэтому если гласность необходима в России вообще, то для Сибири она представляется крайнею насущною потребностью, без гласности невозможно дальнейшее существование этого края...".

В начале XX в., в преддверии очередной революции, вольнодумство глубоко проникает в духовные учебные заведения. 
Тобольский семинарист Е. Кротков в своей рукописи отметил, что "с 1901 г. начинается глухая борьба семинаристов с мертвечиной и схоластикой своей родной "almae mater"". По его наблюдениям, семинарии "давили своей схоластикою и богословщиною семинаристов. Массы семинаристов инстинктивно отворачивались от семинарской науки, ища в кутежах, попойках выхода молодым юным кипучим силам. Юным силам нужны были знанья, а не та рухлядь, которая предлагалась им отечески заботливыми руками черной синодской братией".

 

Таким образом, урбанизация и индустриализация Сибири, так же как и России в целом, вызывали серьезный рост культурных потребностей городского населения и изменение социально-культурного облика одного их старейших сибирских городов - исторической столицы Сибири - Тобольска. Городское хозяйство на базе достижений научно-технического прогресса получает водопровод и электрическое освещение. Обновляется и видоизменяется инфраструктура городской культуры. Даже в недрах православной церкви постепенно формируются элементы и образцы новой культуры, подтачивая ее изнутри.