Полежаев, взяв в свою команду Алексея Ивановича Казанника, ничуть в нем не ошибся. Поначалу назначил его председателем комитета по делам национальной политики и религий, а вскоре, приглядевшись, возвел и в ранг своего заместителя.
Умел губернатор провидеть в человеке талант, способности, которые сам в себе человек чаще всего и не подозревал.

Можно утверждать, что одно время Алексей Иванович оказался не на предназначенном ему Провидением месте (имеется в виду его московская эпопея), «найдя себя» в команде губернатора, говорил самокритично, что хождение его в Верховную власть было по меньшей мере безрассудством, что Москва его больше никакими коврижками не прельстит, не то что прокурорской должностью...
Относился он равно уважительно ко всем традиционным в Омске религиям—исламу, иудаизму, православию...

Хотя православию уделял больше внимания. И только потому, что состоявших в православии было подавляющее большинство русских, украинцев, белорусов. По душе ему пришелся и архиепископ Омско-Тарской епархии Феодосии: крупный, приятной наружности, а главное — великомудрый пастырь, настойчивый в своих устремлениях возродить порушенную чуть не до последней веточки епархию.

После нескольких ознакомительных встреч Казанника с Феодосием, последний (тогда еще архиепископ Омско-Тюменской епархии, впоследствии возведенный в сан митрополита; Алексей Иванович тоже в то время был только председателем комитета по делам политики и религий) заговорил о Свято-Никольском казачьем соборе:
— Я ничего не прошу у новых властей. Я всего лишь хочу напомнить, что власти, строящей правовое государство, надлежит вернуть православной Церкви беззаконно отнятое ранее старыми правителями. Да и какие у безбожных правителей могли быть законы? То, что порушено ими, взорвано — не вернешь. Но кое-что еще осталось. Тот же Свято-Никольский казачий собор...

Алексей Иванович даже плечами шевельнул от недоумения, впервые услышав, что православная Церковь предъявляет свои права на это строение.
— Там же органный зал!
Владыка качнул укоризненно головой:
— Дорогой Алексей Иванович, это храм Божий.
— Но идут же в него люди. И пожилые, и студенты, и школьники...
— Самая большая беда, что школьники. Мы детей приучаем к чуждой, иноземной культуре, вытравляя из их душ нашу, традиционную. Потом уже будет поздно что-то поправить...

Алексей Иванович как-то неожиданно для себя тотчас согласился в душе с доводами Феодосия, однако как практически решить этот вопрос — понятия не имел:
— Согласен, что вы, владыка, во всем правы. Но как быть с органом? К нему привыкли, полюбили...
— Я не претендую на весь храм. Пусть будет в нем и орган. По церковным праздникам — служба. Поделимся...

Идея Алексею Ивановичу показалась стоящей.
— Хорошо. Я переговорю с Галиной Викторовной Падучих.
— С «хозяюшкой» зала, госпожой Падучих, я беседовал. Она не очень упрямится, но нужно постановление Администрации. .. Нам бы, — Феодосии усмехнулся с лукавинкой, — как в той сказке, где лисичка со скалочкой... Поначалу на лавочку, хвостик под лавочку...
Алексей Иванович оценил шутку, рассмеялся:
— Мудрен владыка! — И уже сам загорелся мыслью вернуть собор его истинной хозяйке — православной Церкви. Заверил архиепископа: — Сделаю всё, что в моих силах». 
— Спаси вас Бог, — поблагодарил его владыка, ничуть не сомневаясь, что Алексей Иванович костьми ляжет, но обещание сдержит.

Отменным душеведом был пастырь духовный, с одного взгляда определял: лукавит перед ним человек, искренен ли до конца...
Алексей Иванович в тот же день был у Еловикова, которому подчинялся в организационном отношении (Еловиков состоял в должности заместителя губернатора), с докладной запиской, в которой обосновывал оправданность передачи бывшего Никольского собора в ведение епархии.

Еловиков сказал, что такой вопрос он решить не может.
Тогда Казанник — к губернатору. Полежаев, прочитав записку, кивнул согласно головой и наложил резолюцию: «Подготовить проект постановления».

За два дня Алексей Иванович не только написал проект, но и согласовал его со всеми заинтересованными службами. Споткнулся лишь на председателе исполкома городского Совета Юрии Яковлевиче Шойхете. Уяснив суть проекта, Шойхет отпихнул его по столу от себя: «Я никогда этого не согласую».

Алексей Иванович воззрился на него удивленно-вопросительно.
Шойхет пояснил: «Вы хоть понимаете, какую шумиху поднимет интеллигенция?! Она будет категорически выступать против этого. Я не хочу с ней ссориться» (запуган уже был острыми статьями против него журналистки Т. Саблиной).

В то же время изыски и потуги архиепископа с Kaзанником вернуть бывший Свято-Никольский казачий собор епархии разными путями стали широко известны в городе, и некоторые из газет усердно начали публиковать враждебные статьи, активно выступая против передачи собора Церкви. Все их доводы, в общем-то, сводились к одному: если-де это произойдет (передача здания Церкви), то дети наши, внуки не услышат величественной органной музыки, которая учит их понимать прекрасное. Поэтому ни в коей мере нельзя ввергать Омскую область в пучину мракобесия.

При очередной встрече с архиепископом, вычитывая из газет отрывки этого злопыхательства, Алексей Иванович взглядывал на владыку глазами, в которых — мешанина чувств: от изумления до непонимания.

Архиепископ, прикрякивая досадно, отвечал на его недопонимание своим грудным, с хрипотцой голосом:
— Это Церковь Христова, по их понятию, мракобесие?! — В глазах тоже изумление. — Вот уж истинно на воре шапка горит. Бесы-то — кто?!
И все же компромисс временный был заключен. Договорились, как и замыслил изначально владыка, использовать собор на паритетных началах: половина собора
— для богослужения, другая — для органной музыки. Но вскоре такое соглашение уже не стало устраивать

Казанника с Феодосием и даже губернатора. Каждый из них по-разному относился к такому компромиссу, но понимали одинаково, что, по сути-то, это издевательство над чувствами верующих, над Церковью православной, да и над самим органом. Потому как в храме православном не может находиться, действовать, звучать неправославная музыка. Во-вторых, коль выделена для отправления церковных треб только половина зала (пояснил им архиепископ), то нельзя совершить его освящение, а потому нельзя и совершать в нем Божественной литургии — самого главного чина богослужения.

.. .Несколько ранее, в те остатние дни, когда в России доживал еще депутатский Верховный Совет, при обсуждении на его сессии закона о свободе совести и исповедания, Алексей Иванович, будучи генеральным прокурором, убедительно, на его взгляд, доказал в своем выступлении, что национализация церковного имущества, церковных зданий были незаконными. И попросил поставить на голосование его предложение, сформулировав его примерно так: «Немедленно вернуть всё церковное имущество, которое находится в музеях, его истинному владельцу — православной Церкви. В первую очередь — все иконы. Иконы не могут быть какими-то музейными экспонатами. Они писались для церкви. Их дом — там».

Разгорелась дискуссия.
Выступил молодой предприниматель: я, мол, в бывшей церкви кафе устроил. Отремонтировал, привел всё в порядок — теперь всё в ней и само здание — моя собственность.

Алексей Иванович парировал:
«Например, напали на меня бандиты. Раздели догола. Через некоторое время их задержали. Они даже и не скрывались. Я говорю: «Это мой пиджак!» Бандит возражает:
«Я перешил пуговицы, поставил новую подкладку — потому теперь это моя собственность...»

Председательствующий на сессии Анатолий Лукьянов спрашивает патриарха Алексия Второго: «Ваше святейшество, у вас есть какие-либо замечания?» Тот ответил: «Нет».
Как бы нейтралитет его в этом вопросе не дал возможности решить окончательно на сессии эту проблему. Предложение Казанника, поставленное на голосование, не прошло. Не хватило всего трех голосов.

— Вот во что оборачивается наше половинчатое решение! — в голосе губернатора укор и раздражение, будто он, Алексей Казанник, один виноват в том, что согласились использовать здание храма как церковь и как органный зал.
На лице губернатора нет той мягкой полуулыбки, с которой он всегда обращался к Алексею Ивановичу.